1卷第三（卷首缺）·陰陽
平按：此篇自傷腫上殘脫，篇目亦不可考。故自黃帝曰以下至痛形，謹依《素問》卷二第五《陰陽應象大論》補入。自傷腫以下至末，見《素問·陰陽應象大論》，又見《甲乙經》卷六第七，惟編次小異。
黃帝曰：陰陽者，天地之道也，萬物之綱紀，變化之父母，生殺之本始，神明之府也，治病必求於本。故積陽為天，積陰為地。陰靜陽躁，陽生陰長，陽殺陰藏。陽化氣，陰成形。寒極生熱，熱極生寒。寒氣生濁，熱氣生清。清氣在下，則生飧泄；濁氣在上，則生䐜脹。此陰陽反作，病之逆從也。
故清陽為天，濁陰為地；地氣上為云，天氣下為雨；雨出地氣，云出天氣。故清陽出上竅，濁陰出下竅；清陽發腠理，濁陰走五臟；清陽實四肢，濁陰歸六腑。水為陰，火為陽，陽為氣，陰為味。味歸形，形歸氣，氣歸精，精歸化，精食氣，形食味，化生精，氣生形。味傷形，氣傷精，精化為氣，氣傷於味。
陰味出下竅，陽氣出上竅。味厚者為陰，薄為陰之陽；氣厚者為陽，薄為陽之陰。味厚則泄，薄則通；氣薄則發泄，厚則發熱。壯火之氣衰，少火之氣壯。壯火食氣，氣食少火。壯火散氣，少火生氣。氣味，辛甘發散為陽，酸苦湧泄為陰。陰勝則陽病，陽勝則陰病。陽勝則熱，陰勝則寒。
重寒則熱，重熱則寒。寒傷形，熱傷氣。氣傷痛，形（以上從《素問·陰陽應象大論》補入。）傷腫。（既迫痛傷形，即便為腫也。）故先痛而後腫者，氣傷形也；（先邪傷衛氣致痛後形腫者，謂衛氣傷及於形也。）先腫而後痛者，形傷氣也。（邪先客於皮膚為腫而後壅衛氣為痛者，謂形傷及於氣也。
）風勝則腫，燥勝則乾，（邪風客於皮膚，則為䐜腫也。邪熱燥於皮膚，則皮乾無汗。平按：《素問》、《甲乙經》腫均作動，腫下為有熱勝則腫句。）寒勝則胕，（扶付反，檢義當腐，寒勝肉熱，肉當腐。平按：胕《素問》、《甲乙經》均作浮。）濕勝則濡。（陰濕氣盛，則多汗也。
平按：濡下《素問》、《甲乙經》均有瀉字。）天有四時五行，（天之用也。）以生長收藏，（四時之用。）以生寒暑燥濕。（五行所生也。有本有風，謂具五者也。平按：濕下《素問》、《甲乙經》均有風字。）人有五臟，（人之有也。）有五氣，以喜怒悲憂恐。（五氣，五臟氣也。
喜怒等，心肺肝脾腎五志者。平按：有五氣《素問》作化五氣，《甲乙經》作化為五氣。喜上《素問》、《甲乙經》均有生字。）故喜怒傷氣，（內傷者也。）寒暑傷形。（外傷者也。）故曰喜怒不節，寒暑過度，生乃不固。（內外傷已，生得堅固不道夭者，未之有也。平按：《素問》無故曰二字，此節以上有暴怒傷陰暴喜傷陽厥氣上行滿脈去形十六字，《甲乙經》同。）重陰必陽，重陽必陰。
卷第三（卷首缺）·陰陽
黃帝說：陰陽是天地運行的法則，萬物的根本規律，變化的根源，生死的關鍵，也是神明所在之處。治病必須探求陰陽的根本。因此，陽氣積聚形成天，陰氣積聚形成地。陰主靜，陽主動；陽主生長，陰主滋養；陽主肅殺，陰主收藏。陽能化生能量，陰能形成形體。寒極會生熱，熱極會生寒。寒氣產生濁陰，熱氣產生清陽。清陽之氣若在下而不升，就會導致腹瀉；濁陰之氣若在上而不降，就會導致脹滿。這是陰陽顛倒，疾病逆亂的表現。
清陽之氣上升為天，濁陰之氣下沈為地。地氣上升形成雲，天氣下降形成雨；雨雖來自地氣，雲卻源自天氣。因此，清陽之氣從上竅（如口鼻）排出，濁陰之氣從下竅（如二便）排出；清陽之氣布散於肌膚腠理，濁陰之氣內行於五臟；清陽之氣充實四肢，濁陰之氣歸於六腑。水屬陰，火屬陽；陽主氣，陰主味。飲食滋養形體，形體依賴氣化，氣化生成精微，精微轉化為生命能量。精微消耗氣，形體消耗飲食，能量化生精微，氣又滋養形體。飲食過度會損傷形體，氣過度會損傷精微；精微能化為氣，氣也會因飲食不當而受損。
陰性物質從下竅排出，陽性氣機從上竅發散。味濃厚的屬陰，味淡薄的屬陰中之陽；氣強烈的屬陽，氣溫和的屬陽中之陰。味過厚會導致洩瀉，味適中則能通暢；氣溫和能發散，氣過盛則會發熱。過旺的火會消耗氣，溫和的火能滋養氣。過旺的火使氣消散，溫和的火使氣生長。氣味方面，辛甘發散的屬陽，酸苦催吐瀉下的屬陰。陰過盛則陽受病，陽過盛則陰受病。陽盛表現為熱證，陰盛表現為寒證。
寒極會轉化為熱，熱極會轉化為寒。寒邪損傷形體，熱邪損傷氣機。氣受傷會導致疼痛，形受傷會導致腫脹。（若先痛後腫，是氣傷影響形體；先腫後痛，是形體病變影響氣機。）風邪過盛會引發腫脹，燥邪過盛會導致乾枯；（風邪侵襲皮膚會腫脹，熱燥傷及皮膚會使皮膚乾燥無汗。）寒邪過盛會使肌肉浮腫，（寒邪侵襲肌肉，可能導致腐爛。）濕邪過盛會導致多汗。（陰濕之氣過盛，使人體汗液過多。）
天地有四時五行，（這是自然的規律。）主宰生長收藏，（四時的作用。）並產生寒暑燥濕風。（五行所生的氣候。）人體有五臟，（是人體的根本。）化生五氣，表現為喜怒悲憂恐。（五氣即五臟之氣，喜怒等是五臟的情志表現。）因此，過度喜怒會損傷氣機，（屬內傷。）寒暑過度會損傷形體。（屬外傷。）所以說，若喜怒不節制，寒暑不調適，生命就難以穩固。（內外皆傷，卻期望健康長壽，是不可能的。）陰極必轉陽，陽極必轉陰。